所谓的秘密档案也基本是由过去四个世纪的教皇们留下的私人信件和历史记录。从历史名人的手信，比如苏格兰玛丽女王和亚伯拉罕·林肯，到教皇把马丁路德逐出教会的法令，这些档案足以令任何一个学者大开眼界。诚然，高度的机密性使得这些内容夺人眼球的同时，也使得它们被看管得很紧。
档案馆由教皇保罗五世建立，他认为教皇的信件和类似文件应该保存下来。但是，十七世纪意识形态控制得很严，普通民众不允许在私底下八卦国王或教皇的消息。因此，档案被锁了起来。
直到1881年，教皇利奥十三世才允许研究学者查看部分档案内容。不过，查看文件不是那么简单的事，而且流程200年以来几乎都没有变过。
首先，记者、学生、业余历史学家，是不允许进入档案馆的。要经过严格的审核和认证，证明这个人是一个真正的学者。即便如此，证书也必须每六个月更新一次。进入档案馆，学者必须要向卫兵出示经过审核认证的证书。
一旦获得准入，学者们会索取他们想参考的具体文件，每天仅允许索取三份文件。因此，比起浏览档案室的目录，他们必须从用罗马文或拉丁文手写的目录中选择出具体文章。这些目录相当壮观，档案馆有超过80公里长的书架，和追溯到八世纪的各类文件。
如果在几分钟之内，学者意识到他们要找的文件不在手上的文件夹里，那么就不得不结束一天的安排了，尤其对查询时间即将结束，和已经在档案室里走了很久的学者来说。电脑是可以带进去的，但是不允许摄影，所以，学者们大部分时间都在阅览室里快速码字。